l territorio del comune di Cisternino fu abitato, fin dal Paleolitico medio-superiore, da nuclei umani provenienti dal nord della penisola o dall'area siculo-africana e che lasciarono, sulle colline dove fissarono i loro accampamenti stagionali, numerose tracce della loro vita, dedita alla caccia e alla raccolta di frutti spontanei e tuberi. Ancora oggi, nella zona di monte Specchia, sui colli di Restano e sulle incolte balze di Serra Amara, si rinvengono utensili preistorici d'ogni genere: punte di zagaglie, lame, raschiatoi e bulini per incidere ossi. Queste comunità umane andarono sempre più infittendosi, fino a raggiungere un numero considerevole di insediamenti nell'Età del bronzo; decine di stazioni di questa età sono state recentemente localizzate in varie zone del territorio e quelle di Maselli, Ibernia piccola, Carperi, monte d'Alessio, monte le Fergole e Figazzano, hanno un'importanza non indifferente per la comprensione della preistoria brindisina.
Il nome Cisternino deriverebbe dall'eroe eponimo Sturnoi, compagno di Diomede, che dopo la Guerra di Troia avrebbe fondato una città vicina che, in seguito, occupata dai Romani, fu chiamata Sturninum, l'attuale Ostuni.
Il nome deriverebbe da "Cis-Sturninum", al di qua di Sturni, antico centro japigio nei pressi di Ostuni che aveva preso la denominazione da Sturno, compagno dell'eroe omerico Diomede, scampati alla guerra di Troia.
L'abitato sarebbe stato saccheggiato dai Goti e successivamente sarebbe andato in rovina.
L'attuale centro storico di Cisternino sarebbe rinato grazie ai monaci basiliani che nel Medioevo, lo chiamarono Cis-sturnium (al di qua di Sturnium (Ostuni). La prima testimonianza sul Casale di Cisternino è data dalla scoperta, al di sotto della chiesa romanica di S. Nicola, dei resti di un piccolo tempio cristiano, edificato realisticamente intorno all'anno 1000. Papa Alessandro III, con una bolla pontificia del 26 febbraio 1180 assegnava questa chiesa ed il Casale di Cisternino al Vescovo di Monopoli.
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