Il territorio comunale può essere suddiviso in due macro aree: una, dall'aspetto collinare, si estende sostanzialmente a nord-ovest dell'abitato, si presenta con dolci colline e terrazzamenti con muretti a secco e numerosissimi trulli; l'altra declina lentamente verso la piana salentina. Proprio per questi motivi Ceglie Messapica viene considerata uno degli ultimi lembi meridionali della Murgia. L'altitudine del territorio comunale varia tra i 148 metri m s.l.m. della foggia Palagogna e i 382 metri m s.l.m. della località Monte d'Oro. L'abitato invece è posto a un'altezza di 302 metri m s.l.m., si estende su 2 colli, uno dei quali interamente occupato dal centro storico e dalla zona ottocentesca.
Nel territorio sono numerose le forme carsiche (doline, grotte, inghiottitoi, lame): esse hanno un rilevante valore paesaggistico, ambientale, naturalistico ma anche storico-archeologico, in quanto spesso, le grotte in particolare, erano già in epoca preistorica sede privilegiata per gli insediamenti umani. La presenza di diffusi fenomeni carsici è strettamente connessa alle caratteristiche del substrato geologico di questo territorio: ovunque affiorano infatti strati di rocce calcareo-dolomitiche, spessi alcune migliaia di metri e molto fessurate. Le rocce calcaree sono a tratti ricoperte da strati, spesso di esiguo spessore, di "terre rosse", localizzate in particolare nelle aree morfologicamente più depresse, quali le doline e i letti dei principali solchi erosivi.
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