La città, sede vescovile dal VI secolo d.C., si trova lungo la costa occidentale del Salento, protesa sul mar Ionio, ed è divisa in due zone: il centro storico e la città nuova (borgo), collegata all'isola del borgo antico tramite un ponte in muratura secentesco. Fu capoluogo di circondario dal 1860 al 1927. Dal 2015, è presidente delle Città storiche del Mediterraneo.
Il territorio del comune di Gallipoli, che occupa una superficie di 40,35 km², si affaccia sul mare Ionio con un litorale di circa 20 km comprendente anche le località di Torre del Pizzo, Baia Verde, Lido San Giovanni, Rivabella e Lido Conchiglie. Il centro urbano, situato a 12 m s.l.m., è composto dalla città vecchia, posta su un'isola calcarea collegata alla terraferma con un ponte seicentesco, e dal borgo, che accoglie la parte più moderna della città. Il territorio confina a nord con i comuni di Galatone e Sannicola, a est con i comuni di Alezio e Matino, a sud con il comune di Taviano e a ovest con il mare Ionio. Il comune dista da Lecce 37 km. Nel comune di Gallipoli ricade il parco naturale regionale Isola di Sant'Andrea e litorale di Punta Pizzo istituito con legge regionale n. 20 del 10 luglio 2006.
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